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基于蟻群算法的生物雙序列比對并行化方案

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  生物序列比對是生物信息領(lǐng)域的重要課題,比對結(jié)果的合理性和正確性關(guān)系到基于比對結(jié)果研究的正確性。在保證正確性的前提下利用并行計算充分挖掘計算潛力對提高比對效率有重要意義。針對雙序列的全局比對問題,提出了基于蟻群算法的雙序列比對并行化方案。對耗時最多的搜索比對路徑和信息素更新兩個步驟給出了基于共享內(nèi)存模型的并行化方法?!疤旌佣枴鄙螼penMP實驗結(jié)果表明,8線程并行情況下,加速比可達5. 03,且序列越長性能越高。

基于蟻群算法的生物雙序列比對并行化方案

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