基于基因信息的肺癌預(yù)后預(yù)測(cè)模型助力風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估

DNA甲基化是一種可遺傳、可逆轉(zhuǎn)的表觀遺傳學(xué)特征，不同基因的甲基化程度，對(duì)基因表達(dá)有不同的抑制作用。3月21日，記者從南京醫(yī)科大學(xué)獲悉，該校公共衛(wèi)生學(xué)院陳峰教授課題組采用數(shù)據(jù)挖掘的統(tǒng)計(jì)分析手段，構(gòu)建了基于生物標(biāo)記物的肺癌預(yù)后預(yù)測(cè)模型，對(duì)患者生存時(shí)間的預(yù)測(cè)精度高達(dá)89%。研究結(jié)果在獨(dú)立人群中得到驗(yàn)證，為肺癌風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估與精準(zhǔn)治療提供了有力證據(jù)。該成果近日發(fā)表于國(guó)際著名期刊《胸科》。

不同預(yù)后評(píng)分人群的K-M生存曲線及預(yù)測(cè)模型的ROC曲線，課題組供圖

肺癌位居惡性腫瘤死因首位，根據(jù)患者的遺傳特征，利用有效的生物標(biāo)記物進(jìn)行個(gè)體化風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估，可以為病情發(fā)展提供判斷依據(jù)。而DNA甲基化就可作為一種生物標(biāo)記物。

自2015年起，南京醫(yī)科大學(xué)公共衛(wèi)生學(xué)院陳峰教授課題組，便聚焦早期非小細(xì)胞肺癌預(yù)后的表觀基因組學(xué)研究，并與美國(guó)哈佛大學(xué)、西班牙巴塞羅那大學(xué)、挪威奧斯陸大學(xué)、瑞典隆德大學(xué)開展國(guó)際合作研究。

論文的作者之一、南京醫(yī)科大學(xué)公共衛(wèi)生學(xué)院張汝陽副教授介紹，團(tuán)隊(duì)利用合作者的現(xiàn)有實(shí)驗(yàn)室數(shù)據(jù)和公共數(shù)據(jù)，從表觀基因組學(xué)、轉(zhuǎn)錄組學(xué)出發(fā)，對(duì)38萬個(gè)基因指標(biāo)進(jìn)行分析，篩選具有主效應(yīng)、交互效應(yīng)的生物標(biāo)記物，結(jié)合人口學(xué)、臨床指標(biāo)，最終構(gòu)建基于生物標(biāo)記物的肺癌預(yù)后預(yù)測(cè)模型。

“此前人們并不了解到底有哪些基因的甲基化水平會(huì)影響肺癌患者的生存時(shí)間，我們從38萬個(gè)基因指標(biāo)中發(fā)現(xiàn)，50多個(gè)基因甲基化和基因表達(dá)的生物標(biāo)記物，會(huì)影響肺癌患者的生存時(shí)間。針對(duì)肺癌患者3年、5年存活率的預(yù)測(cè)精度，可分別達(dá)到88%和89%。根據(jù)目前的研究發(fā)現(xiàn)，這個(gè)模型是早期非小細(xì)胞肺癌預(yù)后預(yù)測(cè)精度最高的模型，將為早期肺癌臨床決策與治療提供參考?！睆埲觋栒f。