Live seq允許單細(xì)胞的時(shí)間轉(zhuǎn)錄組記錄

一個(gè)受精卵發(fā)育為一個(gè)復(fù)雜個(gè)體，正常體細(xì)胞變成腫瘤細(xì)胞，細(xì)胞作為生命的基本單位，其狀態(tài)的動(dòng)態(tài)變化既是健康發(fā)育的基礎(chǔ)也是疾病產(chǎn)生的原因。從光學(xué)顯微鏡對(duì)細(xì)胞形態(tài)變化的觀察，到綠色熒光蛋白對(duì)細(xì)胞基因、表達(dá)定位等變化的追蹤，再到分子記錄器在基因組中穩(wěn)定寫(xiě)入曾經(jīng)發(fā)生的分子事件，以及單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的發(fā)展，允許細(xì)胞全轉(zhuǎn)錄組的變化擬時(shí)序推測(cè)，每一次細(xì)胞動(dòng)態(tài)變化記錄的技術(shù)變革均推動(dòng)了細(xì)胞生物學(xué)的發(fā)展。既有方法或受限于對(duì)細(xì)胞形態(tài)或少數(shù)基因的動(dòng)態(tài)表征，或依賴于擬時(shí)序分析中多種在實(shí)際細(xì)胞體系中可能無(wú)法滿足的假設(shè)，目前尚不能直接測(cè)量細(xì)胞全轉(zhuǎn)錄組狀態(tài)變化。

8月17日，中國(guó)科學(xué)院深圳先進(jìn)技術(shù)研究院、瑞士洛桑聯(lián)邦理工學(xué)院Bart Deplancke課題組、蘇黎世聯(lián)邦理工學(xué)院Julia Vorholt課題組合作，在《自然》（Nature）上以article長(zhǎng)文形式，發(fā)表了題為L(zhǎng)ive-seq enables temporal transcriptomic recording of single cells的研究論文。

該研究開(kāi)發(fā)了活細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)（Live-seq），首次實(shí)現(xiàn)了單細(xì)胞進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序后依然能夠保持細(xì)胞存活。該技術(shù)兼具全基因表達(dá)分辨率和動(dòng)態(tài)解析能力，是當(dāng)前對(duì)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組直接動(dòng)態(tài)測(cè)量、偶聯(lián)細(xì)胞現(xiàn)有狀態(tài)及其后續(xù)表型的唯一解決方案。

基因表達(dá)程序的變化是細(xì)胞對(duì)外源和內(nèi)源刺激反應(yīng)的重要表現(xiàn)。對(duì)單個(gè)細(xì)胞的連續(xù)觀測(cè)是細(xì)胞對(duì)刺激反應(yīng)、變化的重要研究手段，活細(xì)胞成像是最早的方法之一。隨著顯微成像技術(shù)和熒光標(biāo)記手段的發(fā)展，顯微成像可實(shí)現(xiàn)從體外細(xì)胞培養(yǎng)到體內(nèi)環(huán)境下對(duì)基因表達(dá)的動(dòng)態(tài)觀測(cè)。基因編輯技術(shù)的發(fā)展促進(jìn)分子記錄器的出現(xiàn)。該技術(shù)通過(guò)細(xì)胞原生的或人工合成的基因線路，對(duì)刺激的感應(yīng)并將信息寫(xiě)入基因組，記錄歷史分子事件。技術(shù)的發(fā)展和應(yīng)用促進(jìn)細(xì)胞生物學(xué)的發(fā)展，例如活細(xì)胞成像已成為現(xiàn)代細(xì)胞生物學(xué)實(shí)驗(yàn)室的常用手段；分子記錄器雖出現(xiàn)不久，但在體內(nèi)多場(chǎng)景的適用性和穩(wěn)定性上頗具潛力。而它們?cè)谟涗浕虮磉_(dá)上存在共同的限制——在一個(gè)細(xì)胞中只能同時(shí)記錄一個(gè)或幾個(gè)基因的表達(dá)。

2009年湯富酬首創(chuàng)單細(xì)胞mRNA測(cè)序以來(lái)，不再只依靠少數(shù)幾個(gè)基因的表達(dá)來(lái)分析細(xì)胞類型，而可用整個(gè)轉(zhuǎn)錄組的狀態(tài)來(lái)更系統(tǒng)全面的定義細(xì)胞類型和狀態(tài)。單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組變革了對(duì)細(xì)胞狀態(tài)異質(zhì)性的解析能力，推動(dòng)了發(fā)育生物學(xué)、腫瘤細(xì)胞學(xué)、免疫學(xué)和干細(xì)胞生物學(xué)等的發(fā)展。然而，研究只可測(cè)量細(xì)胞的靜態(tài)狀態(tài)，無(wú)法像前述的活細(xì)胞成像那樣連續(xù)觀測(cè)細(xì)胞的動(dòng)態(tài)或檢查細(xì)胞后續(xù)的表型。為了克服這一限制，多種基于計(jì)算或標(biāo)記的方法被開(kāi)發(fā)出來(lái)。這些方法基于共同的假設(shè)，即群體的靜態(tài)分布可以模擬個(gè)體的動(dòng)態(tài)運(yùn)動(dòng)。運(yùn)用不同的數(shù)學(xué)模型和/或新舊RNA的標(biāo)記等手段，研究將轉(zhuǎn)錄組相似的細(xì)胞連接，產(chǎn)生一條軌跡來(lái)代表一個(gè)細(xì)胞的變化路徑。這些方法提供了有意義的生物學(xué)認(rèn)知，但由于這些前提假設(shè)在復(fù)雜細(xì)胞系統(tǒng)不一定能被滿足，其提供的變化路徑應(yīng)被解讀為一種統(tǒng)計(jì)學(xué)上的預(yù)期，而非細(xì)胞真正變化的軌跡。而這些限制的根本原因在于單細(xì)胞測(cè)序時(shí)裂解殺死了細(xì)胞，因而無(wú)法連續(xù)測(cè)量。

本研究中，科研人員開(kāi)發(fā)出活細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)（Live-seq），在進(jìn)行單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序后，依舊保持細(xì)胞的存活和功能。該技術(shù)的核心是對(duì)部分細(xì)胞質(zhì)進(jìn)行微創(chuàng)地提取，并對(duì)微量的細(xì)胞質(zhì)RNA進(jìn)行擴(kuò)增。具體地，該技術(shù)整合改造了多種跨學(xué)科技術(shù)（圖1）：具備納米級(jí)移動(dòng)分辨率和皮牛頓力學(xué)靈敏度的原子力顯微鏡，實(shí)現(xiàn)超精密顯微操作；亞皮升級(jí)別的微/納流控通道和液壓調(diào)節(jié)系統(tǒng)，實(shí)現(xiàn)微量（約1皮升）樣品提取和轉(zhuǎn)移；納米級(jí)的、中空可定量的、可和細(xì)胞膜無(wú)縫密封的特殊探針，可實(shí)現(xiàn)微創(chuàng)的細(xì)胞質(zhì)提取；相偶聯(lián)的實(shí)時(shí)跟蹤成像和細(xì)胞培養(yǎng)系統(tǒng)，可以長(zhǎng)時(shí)間鎖定同一個(gè)細(xì)胞；高靈敏度的RNA擴(kuò)增測(cè)序；對(duì)前述步驟的無(wú)縫整合。

圖1 Live-seq基本原理

Live-seq只對(duì)少量的細(xì)胞質(zhì)進(jìn)行測(cè)序，其結(jié)果能否代表細(xì)胞的狀態(tài)？研究對(duì)多種類型和狀態(tài)的細(xì)胞進(jìn)行活細(xì)胞測(cè)序，并平行地和單細(xì)胞測(cè)序結(jié)果進(jìn)行比較。結(jié)果顯示活細(xì)胞測(cè)序結(jié)果和單細(xì)胞測(cè)序結(jié)果高度吻合，證明了Live-seq能夠較好的體現(xiàn)細(xì)胞的全轉(zhuǎn)錄組狀態(tài)。這一過(guò)程是否改變細(xì)胞狀態(tài)甚至殺死細(xì)胞？研究對(duì)包括干細(xì)胞在內(nèi)的多種細(xì)胞類型進(jìn)行評(píng)估，發(fā)現(xiàn)大部分細(xì)胞在Live-seq后仍然存活。同時(shí)，細(xì)胞分裂依然能夠正常進(jìn)行（圖2）。研究通過(guò)對(duì)巨噬細(xì)胞對(duì)細(xì)菌脂多糖LPS刺激的反應(yīng)和脂肪干細(xì)胞分化過(guò)程的觀測(cè)發(fā)現(xiàn)，細(xì)胞的反應(yīng)未因Live-seq而有明顯變化。研究對(duì)接受和未接受細(xì)胞質(zhì)提取的細(xì)胞全轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行比較，也未發(fā)現(xiàn)大量的基因表達(dá)變化。結(jié)果顯示，Live-seq未對(duì)細(xì)胞的活性和功能產(chǎn)生較大影響。

圖2 Live-seq對(duì)細(xì)胞的影響，黃色的細(xì)胞被提取出細(xì)胞質(zhì)，藍(lán)色和紫色的細(xì)胞未被處理

由于細(xì)胞測(cè)試后仍舊存活，Live-seq首次實(shí)現(xiàn)對(duì)同一個(gè)細(xì)胞全基因表達(dá)的連續(xù)測(cè)量。作為概念驗(yàn)證，Live-seq直接測(cè)定了同一個(gè)巨噬細(xì)胞和脂肪干細(xì)胞在刺激前后的變化路徑（圖3）。Live-seq可以回答細(xì)胞怎樣的過(guò)去決定它的現(xiàn)在。即使是單克隆來(lái)源的巨噬細(xì)胞對(duì)細(xì)菌脂多糖的反應(yīng)依舊有很大的異質(zhì)性。利用這一模型，研究表明起始狀態(tài)的少數(shù)基因的表達(dá)差異和噪音（如Nfkbia、Gsn等）是決定細(xì)胞后續(xù)反應(yīng)差異的重要原因，處于細(xì)S期的細(xì)胞對(duì)刺激反應(yīng)也更弱。對(duì)應(yīng)地，普通的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組無(wú)法找到這些規(guī)律。

圖3 活細(xì)胞測(cè)序新可能：（左圖）對(duì)同一個(gè)細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組的連續(xù)分析；（右圖）偶聯(lián)細(xì)胞起始的轉(zhuǎn)錄組狀態(tài)（因）和后續(xù)細(xì)胞對(duì)刺激的反應(yīng)（果）

Live-seq仍有不足：與高通量的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組相比，Live-seq是低通量的手段；Live-seq尚不能在體內(nèi)應(yīng)用；在高度極化而mRNA分布不均的細(xì)胞（如神經(jīng)細(xì)胞）中，Live-seq或無(wú)法體現(xiàn)全細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組；多次采樣對(duì)細(xì)胞的干擾需要更多研究。未來(lái)持續(xù)的發(fā)展如自動(dòng)化提高通量、通過(guò)和雙光子顯微鏡聯(lián)用運(yùn)用于體內(nèi)樣品等，有望使上述不足得到改善。Live-seq第一次使得對(duì)活細(xì)胞的連續(xù)觀測(cè)成為可能，希望可以催生更多新可能。

研究工作得到國(guó)家重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃、深圳合成生物創(chuàng)新研究院的支持。

論文鏈接：

https://www.nature.com/articles/s41586-022-05046-9

審核編輯 ：李倩