如何搭建C9H5NS2分子結(jié)構(gòu)

Nanodcal是一款基于非平衡態(tài)格林函數(shù)-密度泛函理論（NEGF - DFT）的第一性原理計(jì)算軟件，主要用于模擬器件材料中的非線性、非平衡的量子輸運(yùn)過程，是目前國內(nèi)擁有自主知識產(chǎn)權(quán)的基于第一性原理的輸運(yùn)軟件?？深A(yù)測材料的電流 - 電壓特性、電子透射幾率等眾多輸運(yùn)性質(zhì)。

迄今為止，Nanodcal 已成功應(yīng)用于1維、2維、3維材料物性、分子電子器件、自旋電子器件、光電流器件、半導(dǎo)體電子器件設(shè)計(jì)等重要研究課題中，并將逐步推廣到更廣闊的電子輸運(yùn)性質(zhì)研究的領(lǐng)域。

本期將給大家介紹Nanodcal分子電子學(xué)3.2.1.2-3.1.3的內(nèi)容。

3.2.1.2 搭建C9H5NS2分子結(jié)構(gòu)

（1）從數(shù)據(jù)庫中導(dǎo)入leucoline晶體，F(xiàn)ile—Import，找到leucoline.hzw導(dǎo)入（如果DeviceStudio版本較低，可以在附件中找到leucoline.hzw并導(dǎo)入）；

圖 3-25:

（2）點(diǎn)擊Hydrogen passivation，給分子加氫；

圖 3-26:

（3）點(diǎn)擊3D Viewer下的yx View按鈕；

圖 3-27:

（4）選中下圖中的H原子；

（5）雙擊Properties欄下ElementSymbol的H，在元素周期表中選擇S替換；

圖 3-29:

（6）選中下圖中的C原子，可以在Properties欄中看到該原子的位置信息，再點(diǎn)擊Move Atom，選中所有原子進(jìn)行平移，使得紅框中的原子的坐標(biāo)變?yōu)閇0，0，0]；

圖 3-30:

（7）點(diǎn)擊Angle測量出下圖所示的角度；

圖 3-31:

（8)點(diǎn)擊Rotate Atom，進(jìn)行如下旋轉(zhuǎn)操作，將兩個S原子處于同一個XY平面內(nèi)；

圖 3-32:

3.1.3 搭建Al-C9H5NS2-Al Bulk體系

（1）選中整個分子，右擊Copy，點(diǎn)擊之前建好的Al電極的hzw文件，在空白處右擊Paste；

圖 3-33:

（2）點(diǎn)擊3D Viewer下的yx View，再點(diǎn)擊Move Atom，適當(dāng)?shù)南蛏弦苿臃肿拥奈恢檬沟梅肿雍虯l電極沒有交疊；

圖 3-34:

（3）點(diǎn)擊Distance測量S原子到特定Al原子的距離；

圖 3-35:

（4）點(diǎn)擊Move Atom，選中分子并移動，使得S原子到特定Al原子的距離相等，并且S原子與特定Al原子在用一條直線上；

圖 3-36:

（5）點(diǎn)擊Convert to Crystal，按下圖中的Primitive Vectors進(jìn)行輸入；

圖 3-37:

（6）點(diǎn)擊Center，將原子移至中心，如下圖所示；

（7）將該Bulk體系的信息導(dǎo)出為VASP的輸入文件Simulator—VASP—VASPInput，固定Al電極只馳豫分子的結(jié)構(gòu)，對于VASP的操作，這里不展開介紹；

圖 3-39: